同年秋，北伐大军攻克元大都(今北京市)，元顺帝仓皇出逃，元朝灭亡。蒙古在中原九十八年的统治宣告结束，明朝取得了在长城以内地区的统治权，丢失四百年的“幽云十六州”也被收回。

但是，逃到草原的蒙古贵族不甘心失败，他们仍屯兵在明朝的长城边境之外，屡次骚扰明军，以期再度夺回失去的富庶的中原地区。

洪武二年(1369年)六月，元惠宗迁都应昌府，对明朝形成了实在的军事威胁。朱元璋鉴于北宋末年燕山一带在两年之内得而复失的前车之鉴，决定北征消灭北元。

从洪武三年(1370年)开始，到洪武二十年(1387年)，朱元璋连续用兵出塞北征，对北元残部造成了沉重的打击。

而最终灭亡北元小朝廷的战役是在洪武二十一年(1388年)发生的捕鱼儿海之役。

捕鱼儿海(今中蒙边境之贝尔湖)战役发生在元朝灭亡的二十一年之后，时间过了这么久，北元的奇男子王保保早已去世，元朝的残余势力奉新君脱古思帖木儿(元朝第十七位大汗)为首，流窜于塞外自树一帜。

在这场战事打响的前一年，明将冯胜、傅友德、蓝玉率领二十万大军北征辽东，迫使北元辽阳行省的太尉纳哈出率所部二十万人投降，此举使游牧在东蒙古地区的北元小朝廷更加孤立，为其走向最后的覆灭奠定了基础。

朱元璋乘辽东获胜之机，命令蓝玉为大将军，率师十五万出塞，意图将残元势力一网打尽。

1388年四月，蓝玉率领的明军到达捕鱼儿海南岸，12日黎明，蓝玉侦察得知北元小朝廷的脱古思帖木儿的营地就在捕鱼儿海东北方向80余里，于是决定发动突袭。蓝玉以王弼为先锋，率部直扑过去，立马打了北元残部一个措手不及。

此战，明军如秋风扫落叶一般获得大胜，早已疲于奔命的北元军队全线崩溃，损失了十多万人。

脱古思帖木儿这位蒙古新大汗指挥部下抵抗了一阵，最后发现于事无补，只得带着太子天保奴以及少数随从，骑乘数十匹战马逃出了包围圈。后来，脱古思帖木儿在逃亡的路上被手下弑杀。

明军俘获脱古思帖木儿次子地保奴等64人、太子必里秃妃并公主等119人、吴王朵里只、代王达里麻、平章八兰等3000人，以及北元宝玺、图书、金银印章，男女七万余人，马驼牛羊十万等等。

至此，北元小朝廷于捕鱼儿海覆灭，蒙古草原在长达五十年的时间里陷入四分五裂的局面，北元残部再也无力对明朝造成军事威胁，直到瓦剌领袖也先出现，明军才又吃了一个“土木堡之变”的大败仗。