第二个前来敦煌盗宝的人是法国的伯希和。伯希和是专门研究中国学问的汉学家，除了精通汉语之外，还懂得几种中亚流行的语言。从1899年开始，他供职于设在越南河内的法国远东学院，曾在1901年前往中国购买书籍、绘画和美术品。他在语言上的天赋和对中国图书版本学的知识，为他后来盗窃藏经洞文献提供了极大的方便。

大概正是因为他的这些才干，当1905年中亚与远东历史、考古、语言、人种探察国际协会法国分会组成中亚考察队时，伯希和被挑选为考察队长。1906年6月15日，他率领着测量、摄影方面的专家自巴黎出发，从喀什噶尔开始，沿塔里木盆地北沿的古丝路，对沿途遗址、石窟逐个进行考察发掘。翌年10月到达乌鲁木齐。

当时，斯坦因从藏经洞盗走大批写本的消息还没有传出，伯希和是从清朝伊犁将军长庚那里，得知敦煌莫高窟发现了古代写本的消息，并且看到了一卷流散出来的写经，立刻判断出这是八世纪的珍贵文物。伯希和取消了从乌鲁木齐向西北方向行进的原订计划，甚至连他向往的到处是古物的吐鲁番盆地都不去，立即赶赴敦煌。

1908年2月25日，伯希和一行来到莫高窟前，一面开始对所有洞窟进行编号、测量、拍照和抄录各种文字题记，一面和王道士进行交涉。伯希和流利的汉语很快就博得了王道士的好感，而且，王道士从谈话中得知，伯希和并不知道他把一大批写本出卖给斯坦因的事，所以对这些洋人的坚守诺言感到满意，很快，在3月3日，伯希和就被引进藏经洞，而且还允许他在洞中挑选。

面对着这数万件珍贵文献，伯希和在惊呆之余，立刻盘算了一番，然后下决心把它们全部翻阅一遍。在以后的三个星期中，伯希和在藏经洞中，借助昏暗的烛光，以每天一千卷的速度，翻检着每一件写本，并把它们分成两堆，一堆是最有价值的文献，他给自己订立了几条标准，即：一是要标有年代的，二是要普通大藏经之外的各种文献，三是要汉文之外的各种民族文字材料，这堆写本是不惜一切代价都要得到的；另外一堆则是必要时可以舍弃的写卷。

伯希和挑选完毕，向王道士提出想全部得到的要求，王道士当然还没有这样的胆量，结果，伯希和以600两银子，换得了藏经洞写本的精华，它们的数量虽然没有斯坦因进取的多，但质量最高，说不清有多少件是无价之宝。

伯希和等人结束了敦煌的考察，一面派人把大批文物运往巴黎，一面又沿河西走廊进入中原，最后在10月5日到达北京，采购图书。狡猾的伯希和知道写本尚在途中，这次来京，对在莫高窟得到写本的事守口如瓶。

同年12月，伯希和回到河内的远东学院。1909年5月，伯希和又受法国国立图书馆委托，从河内出发，经南京、天津，到北京购买汉籍。这时，从藏经洞劫得的大批文献已安全运抵巴黎，入藏法国国立图书馆。伯希和于是随身携带一些敦煌珍本，如《尚书释文》、《沙州图经》、《慧超往五天竺国传》，《敦煌碑赞合集》等，来到北京，出示给北京的中国学者，目的是买好他们，以取得在收购珍本汉籍时的帮助。